La red CCTA suma a otras instituciones públicas y privadas con las cuales desarrolla sinergias en torno a los temas de gestión integral de cuencas, conservación in situ de la agrobiodiversidad, cambio climático, conocimientos y tecnologías tradicionales, gestión de la información e incidencia política. Entre ellas están, en el ámbito nacional:
el Centro de Investigaciones de Zonas Áridas (CIZA) y la Maestría de Ecología Aplicada (MAE) de la Universidad Nacional Agraria La Molina (UNALM)
la Subdirección de Recursos Genéticos y Biotecnología del Instituto Nacional de Innovación Agraria (SUDIRGEB-INIA)
la Dirección General de Diversidad Biológica del Ministerio del Ambiente (MINAM
la Sociedad Peruana de Derecho Ambiental (SPDA)
el Grupo de Análisis para el Desarrollo (GRADE)
el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONCYTEC)
la Asociación Ecología Tecnología y Cultura en los Andes (ETC Andes)
la Red Peruana de Información Agraria y Ambiental (AGRORED PERU)
A nivel internacional, mantiene fuertes lazos con el Centro de Investigaciones en Ecosistemas de la Universidad Autónoma de México (CIECO-UNAM)
