La Asamblea, conformada por los 7 asociados (6 ONGs y 1 individual), es la instancia de decisión dentro de la CCTA.

El órgano de conducción del quehacer institucional de la CCTA lo constituye el Consejo Directivo, el cual es elegido por la Asamblea. El Consejo Directivo vigente es el siguiente:

Presidente: Fernando Alberto Alvarado de la Fuente (CENTRO IDEAS)
Secretario: Elsa Fung (CEPESER)
Tesorero: Juan Alberto Vaccari Chávez (IDMA)
Vocal: Raúl Pedro Santana Paucar (Grupo TALPUY)
Vocal: Emilio Huamán (CADEP)

Como Fiscal ejerce: Martha Eleana Cuentas Anci (FOVIDA)

Además, la CCTA considera el cargo de Director Ejecutivo, el cual es ejercido actualmente por Juan Torres Guevara.