Los objetivos de la CCTA recogen las grandes tendencias a las que apuntan sus asociados como unidad:

- Valoración del potencial del medio ambiente andino.
- Potenciación de la participación campesina y la cooperación inter-institucional.
- Valoración del conocimiento andino.
- Impulso a la investigación científica y tecnológica en los Andes.
- Promoción de la generación de valor agregado en microcuencas.
- Formulación y ejecución de modelos y políticas de desarrollo.
- Potenciación de la generación y uso de información tecnológica.
- Consolidación de la coordinación inter-institucional.

De acuerdo a estos objetivos, la CCTA tiene dos temas centrales:

- Ciencia, tecnología y desarrollo rural.
- Tecnologías apropiadas para ecosistemas andinos.

La atención de la CCTA está dedicada, entonces, a contribuir a resolver la problemática de comunidades campesinas y pequeños productores del area rural principalmente.