Los objetivos de la CCTA recogen las grandes tendencias a las que apuntan sus asociados como unidad:

• Valoración del potencial del medio ambiente andino.
  
• Potenciación de la participación campesina y la cooperación inter-institucional.
  
• Valoración del conocimiento andino.
  
• Impulso a la investigación científica y tecnológica en los Andes.
  
• Promoción de la generación de valor agregado en microcuencas.
  
• Formulación y ejecución de modelos y políticas de desarrollo.
  
• Potenciación de la generación y uso de información tecnológica.
  
• Consolidación de la coordinación inter-institucional.